Можно еще сказать: верхняя полоска праймера

Есть выше и ниже расположенные по цепи(учитывая то, что существует 2 конца цепи, но построение обычно идет в направлении с 5' до 3').

http://www.rmj.ru/rmj/t3/n9/3.htm#R2
Дикие изоляты от всех заболевших и здоровых контактеров были затем охарактеризованы посредством определения частичной геномной последовательности. Регион из 290 пар оснований, кодирующий карбокситерминальные радикалы оболочечного белка VPI и аминотерминальные радикалы необолочечного белка 2А, был усилен праймерами 2А [ 10], а праймер, расположенный выше по цепи, имел строение, обеспечивающее связывание с регионом, сохраняемым среди полиовирусов.
http://biobel.bas-net.by/script/lexicon/read_data.pl?type=al...
Шаговая полимеразная цепная реакция целевого гена * targeted gene walking polymerase chain reaction - вариант обычной полимеразной цепной реакции (см.) для амплификации (см.) неизвестной последовательности ДНК, локализованной вверх или вниз (влево или вправо) от известной последовательности. Для этого первый последовательность-специфический ПЦР-праймер (целевой праймер, т.е. комплементарный экзону) и второй специфический праймер (внутренний праймер, гибридизующийся с той же нитью ДНК и расположенный близко к сайту целевого праймера) отжигаются (гибридизуются) к их целевым сайтам (мишеням) в геноме. Затем неспецифические, т.н. "шагающие" праймеры, комплементарные к последовательностям, расположенным выше или ниже мишени и сайта связывания внутреннего праймера, используются для амплификации расположенных между ними районов с помощью <I>Taq</I> ДНК-полимеразы (см. <I> полимераза Taq -полимераза </I>).

http://diabetes.diabetesjournals.org/cgi/content/full/51/10/...
Real-time PCR was used for quantification. Real-time PCR was performed by a light cycle (Roche, Mannheim, Germany) using the one-step RT-PCR system. Primers for resistin, leptin, and TNF- were chosen with the assistance of the computer program Oligo 4.0 (National Biosciences, Plymouth, MN). For resistin, the sequence for the upper primer was 5'-GATGAAGCCA TCAGCAAGAAGATC-3', and the lower primer was 5'-CACATTGTAT CCTCACGGAC GTC-3'. For leptin, the sequence of upstream primer was TCC TAT CTG TCC TAT GTT CAA GCT GTG, and the downstream primer was CAA CTG TTG AAG AAT GTC CTG CAG AGA. For TNF- , the sequence of the upstream primer was CTC CAC CAA GGA AGT TTT CC, and the downstream primer was CAC CCC GAA GTT CAG TAG AC.
http://www.med2000.ru/artik270/artikl281.htm
кДНК для человеческого 3-бетаГСД амплифицировали с помощью Pfu полимеразы в ПЦР со следующими праймерами верхней и нижней полоски: 5’GCTCTAGAGCCGCCACCATGGGCTGGAGCTGCCTTGTG 3’ и 5’GCTCTAGAGCTCACTGA GTCTTGGACTTCAGG 3‘, соответственно. Амплифицированный продукт обрабатывали XbaI и клонировали с pSP64 PolyA вектором. Для уточнения полученной последовательности проводили автоматический сиквенс с известными праймерами.
Как видно из приведенной ссылки (англоязычной), есть не только расположенные выше или ниже по цепи(upper& lower)- оба от 5 к 3, но и по направлению,и против направления (upstream & downstream).

--------------------------------------------------
Note added at 17 hrs 37 mins (2005-06-10 22:57:43 GMT)
--------------------------------------------------

Друне- Я совершенно согласна с Вами в отношении того, что это чрезвычайно сложно выразить в русском тексте. Мне стало интересно, я просидела вчера до полуночи, стараясь найти подходящее выражение, которое бы оказалось более-менее адекватным. Меня удивила коллега, предложившая вариант \"верхний праймер\". Во-первых, тот, кто работает над текстом, явно способен перевести эти 2 слова в их привычном сочетании ( в отрыве от текста и значения).Во- вторых, всегда стоит заглянуть в сеть, есть ли такое название, которое напрашивается согласно \"переводу в лоб\". Нет такого выражения \"верхний/нижний праймеры\", нет ссылок ( я смотрела, потому что первая мысль, конечно-самый простой вариант).
Тем не менее я не стала ставить оценку, для этого есть Аскер, чтобы решать-что хорошо, а что плохо. Вы же не истина в последней инстанции, хотя я искренне верю, что Вы разбираетесь в этих вопросах.
Теперь по сути вопроса. Я приведу определения upstream и downstream из глоссария, который я считаю достаточно толковым. Правда, он приводится в сети в английском варианте, не знаю, существует ли русский эквивалент - вроде бы должен быть, словарь-то родом из России...

http://medic.ibmh.msk.su/bioinformatics/glossary.htm
Institute of Biomedical Chemistry (Moscow, Russia)
Downstream Toward the 3\' end of a nucleotide sequence.
Upstream Toward the 5\' end of a nucleotide sequence.

Как Вы переведете эти toward? Если у Вас есть иной вариант, чем \"по направлению к...\", сообщите, пожалуйста, буду признательна.
Далее- Вам нравится работа, которую Вы приводите. Это замечательно, но я могу привести другую ссылку(Руководство для врачей, подписанное В.И. Покровским)- там в таблицах следующее:
Последовательность оснований в праймере (5\' -3\'), причем неоднократно повторяется:
http://www.pcr.ru/help/meningit.pdf
Как же может быть праймер 5\' или праймер 3\'? То-есть я понимаю, как, но полагаю, что это не совсем корректное название.
В отношении последовательности - это встречается во многих работах, и неоднократно повторено, что порядок учитывается от 5\' к 3\'.

http://derma-don.org.ua/index.php?category=_doctor§ion=v...
Комплементарное достраивание нитей ДНК (синтез специфического фрагмента). Комплементарное достраивание нитей ДНК всегда протекает в направлении от 5\'-конца к 3\'-концу нити ДНК в противоположных друг другу направлениях, начиная с участков присоединения праймеров. Материалом для синтеза новых цепей ДНК служат добавляемые в раствор дезоксирибонуклеотидтрифосфаты (дНТФ).


--------------------------------------------------
Note added at 21 hrs 38 mins (2005-06-11 02:58:36 GMT)
--------------------------------------------------

Вот определение на русском языке, правда, здесь вместо \"по направлению\" написано \" по ходу\", но особой разницы я не вижу.

http://www.labinfo.ru/bibl/slov/d04.htm
downstream - [расположение] по ходу транскрипции. Условно принятое обозначение участков оперона, расположенных “ниже”, или “дальше” (по ходу транскрипции), - например, кодирующей части гена по отношению к точке инициации транскрипции, или последней по отношению к промотору <promoter>.